تم إنشاء جامعة محمد خيضر بسكرة في المرحلة الأولى (1984-1992) من خلال المعاهد الوطنية التي ضمت: المعهد الوطني للري، المعهد الوطني للهندسة المعمارية والمعهد الوطني للكهرباء التقنية، حيث كانت المعاهد الوطنية تتمتع باستقلالية إدارية، بيداغوجية ومالية وتتكفل هيئة مركزية بالتنسيق فيما بينها. تحولت هذه المعاهد إلى مركز جامعي في: 07/07/1992. و تحول المركز الجامعي إلى جامعة تضم (07) معاهد. وبإصلاح التعليم العالي في 02/12/1998 تشكلت جامعة محمد خيضر من (3) ثلاث كليات. و في 29 أوت 2004 أصبحت الجامعة تتكون من (04) أربع كليات
وفي 2009، أصبحت الجامعة تتكون من ست (06) كليات